Isaac

Isaac es el jefe de la Catedral , al que se puede acceder, ya sea matando al Corazón de Mamá 11 veces y procediendo a matarlo , Vive , o entrando en una Sala de los Ángeles después de matar al Corazón de Mamá y entrando en el rayo de luz que aparece. También se puede acceder mediante un elemento de teletransporte antes de ingresar a la sala principal en el piso final.

Satán

Satán es el jefe final del Seol, tiene tres fases de combate.

???

??? es el jefe de The Chest, al que se accede derrotando a Isaac en la catedral mientras se sostiene The Polaroid (derribado por mamá después de vencer la catedral 5 veces). Es una versión póstuma de Isaac.

The Lamb

The Lamb es el jefe final del Cuarto Oscuro, consta de dos fases.

MegaSatán

MegaSatán se encuentra detrás de la puerta dorada en la sala de inicio de The Chest and the Dark Room .Para desbloquear a Mega Satán.

Hush

Hush es el jefe de la matriz azul y consta de 5 fases.

Delirium

Delirium es un jefe agregado en la expansión The Binding of Isaac: Afterbirth † . Es el jefe final de The Void , y es el jefe final de la serie en su conjunto.